2011年9月17日以来，通江县境内普降特大暴雨，大多数乡镇再次遭受严重洪涝灾害。灾情发生后，县疾控中心根据县委、县政府和县卫生局的统一部署，迅速采取八项举措，全面开展灾后防病工作。一是坚持每日24小时疫情值班，实行灾后重点传染病疫情及突发公共卫生事件日报告和零报告；二是增加对生活饮用水的卫生监测和消毒指导频次，对管网末稍水实行每日监测和报告；三是严密监视灾后疫情及突发公共卫生事件，及时开展疫情趋势预测、预警、预报；四是大力倡导秋季爱国卫生运动，扎实开展餐饮业、集中式制供水单位、垃圾存放点、淹死病死畜禽掩埋点、公共厕所等重点部位的消杀工作；五是编印灾后防病知识宣传资料，由县、乡、村逐级免费发放到城乡居民手中；六是在县有线电视台滚动播出灾后疾病防治知识讲座和字幕标语；七是向各乡镇免费发放消杀药品；八是组建13个督导组分赴各乡镇指导灾后防病工作。

据统计，截止2011年9月23日，全县出动督导人员1200余人次，发放单页宣传资料6种30万份，指导集中式供水单位开展饮水消毒345家次，指导受灾户开展饮水及餐饮具消毒1.5万户次，末梢水余氯监测425份，水源水、出厂水监测各1份，使用消毒药品6种32.5吨，开展内外环境消杀1500.5万m²。